Après une jeunesse marquée par la musique, Eileen Jackson réalise des études en musicologie dans les universités de Chicago et de New York. Première étudiante noire à obtenir un doctorat en musicologie, elle choisit de se spécialiser dans la musique afro-américaine. Elle devient enseignante dans plusieurs universités, d'abord celles considérées comme historiquement noires, puis à l'université de la ville de New York et enfin à Harvard, et y milite pour qu'une meilleure place soit accordée à ce style, important dans l'histoire de la musique américaine. Elle écrit plusieurs ouvrages, le plus célèbre étant The Music of Black Americans, dont la plupart sont considérés encore aujourd'hui comme des références. Dans le même temps, elle fonde avec son mari Joseph Southern une revue musicologique, The Black Perspective in Music, consacrée à l'étude de la musique noire.
Elle meurt en 2002 après avoir reçu de nombreuses distinctions, parmi lesquelles la National Humanities Medal. Selon plusieurs musicologues et historiens de la culture afro-américaine, son œuvre The Music of Black Americans pose les bases de l'étude de la musique afro-américaine. D'ailleurs, plusieurs universitaires lui rendent hommage dans un recueil d'essais en 1992 et une exposition lui est consacrée en 2021 qui conclut un projet en sa mémoire fondé en 2018.
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